Diarreagénico Escherichia coli

Enterobase clasifica los genomas E. coli a los patotipos usando este lógico. Los patotipos incluidos en el panel E. coli (diarrheagenic) son:

  • Producción de toxinas de Shiga E. coli (STEC)

  • Enterohemorrágico E. coli (EHEC)

  • Enterotoxigénico E. coli (ETEC)

  • Enteropathogénica E. coli (EPEC)

  • Enteroinvasivo E. coli (EIEC)

Última actualización: 5 de agosto de 2025.

Advertencia

La E. los datos coli utilizados en AMRnet no están aún curados para el propósito de muestreo, y por lo tanto reflejan los sesgos de los esfuerzos de secuenciación global que pueden ser sesgados hacia la secuenciación de cepas de AMR y/o brotes. Los esfuerzos de curación de datos están en curso sin embargo hasta entonces, por favor tenga cuidado al interpretar los datos en el panel.

Definiciones variables

  • Lineamientos: Los linajes son etiquetados por el pathovar seguido por el (7-locus) ST.

  • AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.