Shigella + EIEC

Shigella y enteroinvasivo E. los datos de coli (EIEC) en AMRnet se extraen de Enterobase, que llama genotipos AMR usando AMRFinderPlus de NCBI y asigna linajes usando cgMLST y clustering jerárquico. Última actualización: 5 de agosto de 2025.

Advertencia

Los datos Shigella + EIEC utilizados en AMRnet todavía no están supervisados para el propósito de muestreo, y por lo tanto reflejan los sesgos de los esfuerzos de secuenciación global que pueden ser sesgados hacia la secuenciación de cepas de AMR y/o brotes. Los esfuerzos de curación de datos están en curso sin embargo hasta entonces, por favor tenga cuidado al interpretar los datos en el panel.

Definiciones variables

• Lineamientos: La lógica utilizada por Enterobase para clasificar genomas como Shigella o EIEC son detalladas aquí. Shigella sonnei son monophyletic y etiquetados como linaje ‘S. sonnei’. Para otras Shigella, los linajes están etiquetados por las especies seguidas por el ID del clúster HC400 (HierCC) (como esta nomenclatura ha sido mostrada para reflejar la estructura de linaje paraphyletic de Shigella). Los linajes EIEC son etiquetados por ST (por ejemplo, “EIEC ST99”).

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.