Salmonella (non-typhoidal)

Los datos no typhoidal Salmonella en AMRnet se extraen de Enterobase, que llama genotipos AMR usando el AMRFinderPlus <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder/>`_de NCBI asigna linajes usando MLST, `cgMLST y jerarchical clustering, y asigna serotipos usando SISTR. El panel Salmonella (no typhoidal) incluye todos los genomas clasificados como subsp. S. enterica. enterica (basado en el nivel de clustering jerárquico 2850, HC2850=2), y excluyendo todos los genomas con Typhi serotipo predicho o Paratyphi A/B/C. Última actualización: 5 de agosto de 2025.

Para obtener información sobre el Typhi Salmonella, consulte el panel de control de Typhi.

Advertencia

Los datos Salmonella no tifoidales utilizados en AMRnet aún no están supervisados para el propósito de muestreo, y por lo tanto reflejan los sesgos de los esfuerzos de secuenciación global que pueden ser sesgados hacia la secuenciación de cepas de AMR y/o brotes. Los esfuerzos de curación de datos están en curso sin embargo hasta entonces, por favor tenga cuidado al interpretar los datos en el panel.

Definiciones variables

• Lineamientos - Los Lineages están etiquetados por tipo de secuencia de 7-locus (ST).

• AMR determinants: - Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.