Klebsiella pneumoniae

Los datos de Klebsiella pneumoniae se obtienen de Pathogenwatch, que llama AMR (usando Kleborate) y genotipos (MLST) de genomas ensamblados de datos públicos. Última actualización: 5 de agosto de 2025.

Advertencia

Los datos Klebsiella pneumoniae utilizados en AMRnet aún no están supervisados para el propósito de muestreo, y, por lo tanto, reflejan los sesgos de los esfuerzos de secuenciación global que se han dirigido en gran medida a secuenciar cepas ESBL y carbonapenemase-productivas o cadenas hipervirulentas. Los esfuerzos de curación de datos están en curso sin embargo hasta entonces, por favor tenga cuidado al interpretar los datos en el panel.

Definiciones variables

• Genotipos

  • ST: tipo de secuencia, definido por el 7-locus MLST esquema para el complejo de especies Klebsiella pneumoniae

  • cgST: tipo de secuencia del genoma central, definido por el esquema MLST del genoma núcleo, mantenido por Institut Pasteur

  • Sublina: definido por MLST del genoma coral, como se describe aquí

• determinantes AMR son llamados usando Kleborate v3, descrito aquí. La resistencia a Ciprofloxacin se define basándose en la predicción generada por Kleborate. Para todos los demás medicamentos, la resistencia se define por la presencia de uno o más marcadores en la columna de salida Kleborate correspondiente.

• Pansusceptible: no hay determinantes de resistencia identificados además de un alelo SHV beta-lactamasa de tipo salvaje asociado con resistencia intrínseca a la ampicilina (i. . no es una variante ESBL o resistente a los inhibidores de SHV, vea Tsang et al 2024.

Abreviaturas

• ESBL: beta-lactamasa de espectro extendido

• ST: tipo de secuencia

• cgST: tipo de secuencia de core-genoma