Resumen del tablero¶
Cabecera¶
Utilice el menú para seleccionar una especie o grupo de patógenos para mostrar. Cada patógeno tiene su propia configuración de tablero que se personaliza para mostrar genotipos, resistencias y otros parámetros relevantes. Los números indican el número total de genomas y genotipos actualmente disponibles en el panel de control seleccionado.
Mapa¶
Usa el panel Opciones de Ploting de la derecha para seleccionar una variable para mostrar los datos sumarios por país en el mapa del mundo. Los datos de prevalencia son estimaciones ponderadas de la proporción para la resistencia o genotipo seleccionados. Un país debe tener muestras de 20 n° (usando los filtros actuales) para que los datos de resumen se muestren de otro modo, será de color gris para indicar que no hay suficientes datos disponibles.
Utilice el panel de Filtro Global de la izquierda para recalcular los datos de resumen para un período de tiempo específico y/o subgrupo/s (las opciones disponibles varían según el patógeno). Los filtros establecidos en el panel de Filtro Global se aplican no sólo al mapa, sino también a todas las parcelas de la página.
Hacer clic en un país del mapa también funciona como un filtro, para que las parcelas de resumen en los paneles de abajo reflejen únicamente los datos del país seleccionado. Los valores por país mostrados en el mapa se pueden descargar haciendo clic en el botón de flecha hacia abajo en la parte superior derecha del panel.
Descargas específicas de parámetro: Las estadísticas de resumen que se muestran actualmente en la parcela (p. ej. la prevalencia de resistencia por país; con numerador, denominador y porcentaje) se puede descargar en formato tabular (TSV) haciendo clic en la flecha hacia abajo (arriba a la derecha del panel). Una imagen estática (formato PNG) de la vista actual del mapa se puede descargar haciendo clic en el icono de la cámara.
Resumen de parcelas¶
This panel offers a series of summary plots. The default view is «AMR trends». Click a plot title in the rotating selector at the top of the panel, to choose a different plot. The specific plots available vary by pathogen, as do the definitions of AMR and genotype variables (see individual pathogen details). Summary plots are intended to show region- or country-level summaries, but if no country is selected they will populate with pooled estimates of proportion across all data passing the current filters.
Todas las parcelas son interactivas. Usa el panel Opciones de Ploting de la derecha para modificar la región/país para mostrar, o para seleccionar otras opciones disponibles para la gráfica actual como qué variables mostrar, y si mostrar contadores o porcentajes.
Las parcelas de línea y barra tienen una leyenda dinámica a la derecha; haga clic en un valor de eje x para mostrar los recuentos y porcentajes de variables secundarias calculados entre los genomas que coinciden con ese valor de eje X. Por ejemplo, todos los patógenos tienen una trama ‘AMR por genotipo’; haga clic en un genotipo para mostrar los recuentos y porcentajes de resistencia estimados para cada medicamento o clase.
Descargas específicas de basura: Los valores resumidos mostrados en la parcela actual se pueden descargar haciendo clic en el botón de flecha hacia abajo (arriba a la derecha del panel). Una imagen estática (formato PNG) de la vista de trazado actual se puede descargar haciendo clic en el icono de la cámara.
Comparaciones geográficas¶
Este panel utiliza mapas de calor para explorar cómo la prevalencia de AMR o genotipos varía entre países o regiones. La vista por defecto es AMR prevalencia por país.
Utilice el panel Opciones de Ploting de la derecha para estratificar filas por región en lugar de país, para ver prevalencia genotípica en lugar de AMR (en columnas). Para algunos organismos, existe también la opción de trazar columnas como marcadores de resistencia (para un medicamento seleccionado).
Las opciones de trazado también pueden ser modificadas para restringir la vista a países o regiones seleccionados (en filas), o a subconjuntos específicos de genotipos o medicamentos (en columnas). Los países no están trazados (y no están disponibles para seleccionar) si el número de muestras que pasan el filtro global actual está por debajo de 20. De forma predeterminada, los 20 genotipos o medicamentos más comunes (pasando los filtros actuales) se incluirán en la gráfica; en la lista desplegable para modificar el conjunto específico de medicamentos o genotipos mostrados, las opciones disponibles se ordenarán por su frecuencia en la selección actual.
Descargas específicas de basura: Los valores resumidos mostrados en el mapa de calor actual se pueden descargar haciendo clic en el botón de flecha hacia abajo (arriba a la derecha del panel). Una imagen estática (formato PNG) de la vista de trazado actual se puede descargar haciendo clic en el icono de la cámara.
Descargas¶
En la parte inferior hay botones para descargar (1) la información individual a nivel de genoma que se utiliza para rellenar el panel de control (‘Descargar base de datos (formato TSV)’); y (2) un informe estático de las gráficas mostradas actualmente, junto con una descripción básica de las fuentes de datos y definiciones de variables (‘Descargar PDF’).
