Salmonella Typhi¶
Los datos de Salmonella de Typhi en AMRnet se extraen de Pathogenwatch, que llama determinantes de AMR y genotipos de GenoTyphi <https://doi.org/10.1093/infdis/jiab414>`_ del montaje del genoma. Los datos de Salmonella Typhi en Pathogenwatch son curados por el Global Typhoid Genomics Consortium, como se describe aquí.
Las estimaciones de prevalencia mostradas se calculan utilizando colecciones de genoma derivadas de marcos de muestreo no dirigidos (i.e. estudios de vigilancia y carga, a diferencia de estudios de AMR centrados en estudios o investigaciones de brotes de enfermedad) con un año conocido de aislamiento y país de origen. Última actualización: 5 de agosto de 2025.
Definiciones variables¶
Genotipos: esquema de GenoTyphi, vea Dyson & Holt, 2021.
AMR determinants and technical details of how they are called are described in the Typhi Pathogenwatch paper and documentation.
Los casos asociados al viaje son atribuidos al país de viaje, no al país de aislamiento, véase Ingle et al, 2019.
Abreviaturas¶
DDR: resistente a múltiples medicamentos (resistente a la ampicilina, el cloranficol y el trimethoprim-sulfametoxazole)
XDR: ampliamente resistente a medicamentos (MDR más resistente a ciprofloxacina y ceftriaxona)
Ciprofloxacin NS: ciprofloxacin no susceptible (MIC >=0.06 mg/L, debido a la presencia de uno o más genes qnr o mutaciones en gyrA/parC/girB)
Ciprofloxacin R: resistente a ciprofloxacin (MIC >=0.5 mg/L, debido a la presencia de mutaciones múltiples y/o genes)