Escherichia coli

Los datos de Escherichia coli en AMRnet se extraen de Enterobase, que llama genotipos AMR usando AMRFinderPlus de NCBI y asigna linajes usando MLST, cgMLST y clustering jerárquico. Última actualización: 5 de agosto de 2025.

Advertencia

La E. los datos coli utilizados en AMRnet no están aún curados para el propósito de muestreo, y por lo tanto reflejan los sesgos de los esfuerzos de secuenciación global que pueden ser sesgados hacia la secuenciación de cepas de AMR y/o brotes. Los esfuerzos de curación de datos están en curso sin embargo hasta entonces, por favor tenga cuidado al interpretar los datos en el panel.

Definiciones variables

• Lineamientos: Los lineamientos son etiquetados por tipo de secuencia de 7 locus (ST).

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes. see the table