Salmonella (no-tifoidal invasiva)

Los datos de Salmonella (invasivos no typhoidal) en AMRnet se extraen de Enterobase, que llama genotipos de AMR usando el AMRFinderPlus <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder/>`_de NCBI asigna linajes usando MLST, `cgMLST y jerarchical clustering, y asigna serotipos usando SISTR. El panel de control de iNTS actualmente incluye todos los genomas identificados como serotipo Typhimurium o Enteritidis (que representan >90% de iNTS), e identifica sus linajes usando MLST. Última actualización: 5 de agosto de 2025.

El tablero invasivo Salmonella (iNTS) no typhoidal está poblado con datos de linajes específicos de Salmonella enterica que están asociados con la enfermedad invasiva en países de bajos ingresos; concretamente tifimurio serotipo (ST19, ST313 y sublinajes de los mismos, definidos por Van Puyvelde et al) y Enteritidis (clades Central/Oriental y de África Occidental como se define por Fong et al). Juntos representan >90% de los iNTS.

Advertencia

Los datos de iNTS utilizados en AMRnet aún no están supervisados para el propósito de muestreo, y por lo tanto reflejan los sesgos de los esfuerzos de secuenciación global que pueden ser sesgados hacia la secuenciación de cepas de AMR y/o brotes. Los esfuerzos de curación de datos están en curso sin embargo hasta entonces, por favor tenga cuidado al interpretar los datos en el panel.

Definiciones variables

  • Lineamientos: Los Lineages son etiquetados por iTYM (Tifimurio invasivo) o iENT (invasivamente Enteritidis) seguidos por el nombre del linaje, definido por cgMLST de la siguiente manera:

    • iTYM ST19-L1: HC150=305

    • iTYM ST19-L3: HC150=1547

    • iTYM ST19-L4: HC150=48

    • iTYM ST313-L1: HC150=9882

    • iTYM ST313-L2: HC150=728 y HC50=728

    • iENT CEAC: HC150=12675

    • iENT WAC: HC150=2452

  • AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.