Herramientas y datos de origen¶

Bases de datos fuente¶

Enterobase¶

Reloj patógeno¶

Tifhi Salmonella: Un recurso global para predicciones genómicas de resistencia antimicrobiana y vigilancia de Tifi de Salmonella en pathogenwatch, Argimón et al 2021
Neisseria gonorrhoeae: Un recurso dirigido por la comunidad para la epidemiología genómica y la predicción de resistencia antimicrobiana de Neisseria gonorrhoeae en Pathogenwatch, Sánchez-Busoç et al 2021
Klebsiella pneumoniae: Caracterización genómica rápida y vigilancia global de Klebsiella utilizando Pathogenwatch, Argímon 2021
https://pathogen.watch/

Herramientas de escritura¶

AMRFinderPlus¶

Utilizado para escribir AMR en E. coli/Shigella y paneles Salmonella no typhoidales

AMRFinderPlus: https://github.com/ncbi/amr
Artículo AMRFinderPlus: AMRFinderPlus y el Catálogo de Genes de Referencia facilitan el examen de los vínculos genómicos entre la resistencia antimicrobiana, la respuesta al estrés, y la virulencia, Feldgarden 2021
Integración de AMRFinderPlus en Enterobase: EnteroBase en 2025: explorar la epidemiología genómica de los patógenos de bacterias, Dyer y al 2025

Escherichia coli y Shigella¶

Nomenclatura del genotipo¶

Achtman 7-locus esquema MLST: desarrollado por Enterobase
Esquema MLST del genoma central: La guía del usuario de EnteroBase, con estudios de caso sobre las transmisiones de Salmonella, Yersinia pesticidas y Escherichia núcleo de diversidad genómica, Zhou et al 2020
Clasificación jerárquica: HierCC: un esquema de clustering de múltiples niveles para asignaciones de población basado en el genoma central MLST, Zhou y al 2020
Base de datos MLST: https://enterobase.warwick.ac.uk/species/index/ecoli/

Definición del patotipo¶

Los patotipos diarreicos E. coli (DEC) se definen usando Enterobase pathotyping logic
Identificación de especies de Shigella : Clustering jierarchical (HC)

Salmonella (non-typhoidal)¶

Nomenclatura del genotipo¶

7-locus MLST scheme: Enterobase
Esquema MLST del genoma central: La guía del usuario de EnteroBase, con estudios de caso sobre las transmisiones de Salmonella, Yersinia pesticidas y Escherichia núcleo de diversidad genómica, Zhou et al 2020
Clasificación jerárquica: HierCC: un esquema de clustering de múltiples niveles para asignaciones de población basado en el genoma central MLST, Zhou y al 2020

Serotipo¶

Serotipos: The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Drraft Salmonella Genome Assemblblies, Yoshida et al 2016

Salmonella Typhi¶

Neisseria gonorrhoeae¶

esquema MLST de 7-locus: Estado de las especies de Neisseria gonorrhoeae: inferencias evolucionarias y epidemiológicas de la escritura de secuencias multilocus, Bennett et al 2007
2-locus N. gonorrhoeae secuencia de multi-antígeno tipación (NG-MAST) esquema Identificación rápida basada en la secuencia de grupos de transmisión gonocócica en un gran área metropolitana, Martin et al 2004
Base de datos MLST y NG-MAST: PubMLST
Predicción de AMR: Un recurso impulsado por la comunidad para la epidemiología genómica y la predicción de la resistencia antimicrobiana de Neisseria gonorrhoeae en Pathogenwatch, Sánchez-Busó et al 2021

Klebsiella pneumoniae¶

Nomenclatura del genotipo¶

7-locus MLST scheme: Multilocus Sequence Typing of Klebsiella pneumoniae Nosocomial Isolates, Diancourt 2005
Esquema MLST del genoma central: Definición genómica de los grupos clonales de Klebsiella Hypervirulenta y multirresistente a las drogas y a los grupos clonales, Bialek-Davenet y al 2014
Sublineajes: Un enfoque de codificación de barras dual para el entrenamiento de Nomenclatura de Nomenclatura: Taxonomía genómica de Strains de Klebsiella, Hennart et al 2022
Base de datos MLST: BIGSdb Institut Pasteur

Escribir AMR¶

Kleborate v3: https://github.com/klebgenomics/Kleborate
Kleborate paper: A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex, Lam et al 2021