AMRnet

El panel de control AMRnet tiene como objetivo hacer que los datos de vigilancia de AMR derivados del genoma sean accesibles a un público amplio, robustos y fiables. Las visualizaciones están orientadas a mostrar estimaciones y tendencias de prevalencia de AMR anuales a nivel nacional, que pueden ser desglosados y explorados en términos de linajes/genotipos subyacentes y mecanismos de resistencia. No generamos datos de secuencia, pero esperamos que haciendo que los datos depositados públicamente sean más accesibles y útiles, podemos alentar y motivar más secuenciación y compartir datos.

Comenzamos con Salmonella Tiphi, basado en nuestro TyphiNET dashboard que utiliza datos curados por el Global Typhoid Genomics Consortium (para mejorar la calidad de los datos e identificar qué conjuntos de datos son adecuados para la inclusión) y analizado en Pathogenwatch (para llamar a los determinantes y linajes de la secuencia de datos). Los paneles están ahora disponibles para Klebsiella pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, non-typhoidal Salmonella, E. coli y Shigella usando los datos originados de las plataformas Pathogenwatch y Enterobase. En el futuro, tenemos previsto añadir organismos adicionales, provenientes de estas y otras plataformas.

Una barrera importante para el uso de datos públicos para la vigilancia es la necesidad de una cuidadosa curación de los datos, identificar qué conjuntos de datos son relevantes para su inclusión en estimaciones agrupadas de AMR y prevalencia genotípica. Este tipo de curación puede beneficiar a una amplia gama de usuarios y tenemos previsto trabajar con otras comunidades de organismos para curar datos, y contribuir a mayores esfuerzos en torno a los estándares de metadatas. Póngase en contacto con nosotros si desea trabajar con nosotros (amrnetdashboard@gmail.com).

Enlaces clave:

  • El panel de control es accesible en https://www.amrnet.org.

  • Información sobre el equipo del proyecto (basado en la London School of Hygiene y Tropical Medicine), y nuestro grupo asesor de políticas, es aquí.

Citación, código y licencia

AMRnet es software libre y de código abierto, distribuido bajo los términos de la licencia GPLv3.

  • El código del panel es de acceso abierto y está disponible en GitHub.

  • Los problemas y las solicitudes de características pueden ser publicados aquí.

  • El acceso a la API se describe en la página Acceso a datos.

  • Si desea instalar el código AMRnet para desarrollar sus propias instancias de dashboard, vea el Installation Guide.

If you use the AMRnet website or code, please cite AMRnet Cerdeira LT, Dyson ZA, Sharma V, et al. AMRnet: a data visualization platform to interactively explore pathogen variants and antimicrobial resistance. Nucleic Acids Res. Published online November 6, 2025.doi:[10.1093/nar/gkaf1101]. Depending on what data and visualizations you are using in AMRnet, you should also consider citing the upstream source databases and typing tools (noted in the pathogen-specific pages and here), or individual source studies (via PubMed IDs or DOIs available in the TSV download at the bottom of each dashboard).

Descargo de responsabilidad

AMRnet es un proyecto de investigación de código abierto, que proporciona acceso a datos y visualizaciones provenientes de bases de datos de secuencia de acceso público y plataformas de análisis. El contenido de nuestro servicio se proporciona únicamente para información general. No se trata de un consejo en el que usted deba confiar. Usted debe obtener asesoramiento profesional o especializado antes de tomar o de contraer cualquier acción sobre la base del contenido de nuestro servicio. Aunque hacemos esfuerzos razonables para actualizar la información de nuestro servicio, no hacemos representaciones, Garantías o garantías, ya sean expresas o implícitas, de que el contenido de nuestro servicio sea exacto, completo o actualizado. No nos hacemos responsables de los resultados de la confianza en dicha información.

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